行政院農業委員會辦理「農田排水治理工程」及重要蔬菜產區之「設施區域及農田排水瓶頸改善工程」之適用範圍依「流域綜合治理計畫(103-108)年」計畫為直轄市、縣(市)管河川、 縣(市)管河川35水系、區域排水256系統區域排水系統,將納入各農田水利會所轄管事業區域內農田排水及設施構造物作整體規劃治理;另配合流域管理分佈之重要蔬菜產區,如宜蘭縣大同及三星地區、雲林縣西螺鎮及二崙鄉、嘉義縣新港鄉及高雄市梓官區等5處列為第一期(103-104年)優先保全對象,宜蘭縣宜蘭市及壯圍鄉、桃園市八德區、彰化縣溪洲鄉及埤頭鄉、高雄市旗山區及美濃區、屏東縣里港鄉及九如鄉等5處列為第二期(105-106年)優先保全對象。